Das Ria Formosa Gebiet mit seinen unzähligen Lagunen ist seit prähistorischer Zeit bewohnt und schon sehr früh entstand hier eine Stadt, Ossonoba genannt. Sie war ein wichtiges Zentrum während die römische Besetzung und Ursprung des gegenwärtigen Faro.
Ossonoba war Bischofsitz vom 3. Jahrhundert bis dem 8. Jahrhundert. Während die moslemische Besetzung, bis zum 13. Jahrhundert, bleibt die Stadt ein wichtiges Zentrum innerhalb die arabische Welt.
Sie wird im 9. Jahrhundert befestigt mit Stadt-Mauern und Regierungssitz eines kurzlebiges, unabhängiges Kalifates. Der Name Ossonoba wechselt zu Santa Maria de Hárune, der Ursprung des Namens " Faro ". Im Jahre 1249, durch politische Unruhe und militaire Instabilität innerhalb die islamische Welt geschwächt, wird Faro erobert durch die Portugiesen.
In den nächsten Jahrhunderten wird Faro eine wohlhabende Stadt wegen ihre geographische Position, der sichere Hafen, die Gewinnung von Salz und den Handel in Landwirtschaftliche Produkte.
Das Zeitalter der portugiesischen Entdeckungen hatte angefangen und spielte natürlich eine bedeutungsvolle Rolle für die Entwicklung von Faro das in dieser Periode, eine wichtige und aktive jüdische Gemeinde besaß die, am Ende vom 15 Jahrhundert, das erste portugiesische Buch druckt.
Im Jahre 1499 veranlasst der König Dom Manuel, bewusst von der zukünftigen Entwicklung der Stadt, beträchtliche städtische Änderungen. Es sollen ein Krankenhaus, die Espírito Santo Kirche, ein Zollamt, ein Schlachthaus und Geschäfte gebaut werden. Alles entsteht außerhalb der Stadt-Mauern und in der Nähe von der Küste. Im Jahre 1540 wird Faro den Status von Stadt gewährt.
(Eigenartigerweise wurde sie nochmals zur Stadt erhoben und zwar im Jahre 1577, als der Bischofsitz von Algarve, der seit dem Ende der arabischen Zeit im Silves gefestigt war, nach Faro verlegt wurde.)
Im Jahre 1596 plündern englische Truppen unter dem Grafen von Essex die Stadt und brennen sie nieder, Sie zerstören die Stadt-Mauern und Kirchen und nehmen alle Bücher der Bibliotheke mit.
Das 17 und 18 Jahrhundert bedeutete eine Periode von Wachstum für Faro. Neue Stadt-Mauern wurden gebaut. Sie umarmten das entwickelte Gebiet und die kultivierten Länder in einem gewaltigen Halbkreis, gegenüber den Ria Formosa.
Die Stadt bleibt innerhalb diese Begrenzungen bis Ende des 19 Jahrhunderts.
Heute ist sie Universitätsstadt und Hauptstadt der Algarve.