De omgeving van de Ria Formosa, gekenmerkt door vele lagunes, is al sinds de prehistorie bewoond. Langzaam ontstond hier een stad met de naam Ossonoba. Een belangrijke plaats gedurende de Romeinse bezetting en de oorsprong van het huidige Faro.
Vanaf de 3 de eeuw tot het begin van de Arabische heerschappij over de Algarve was Ossonoba ook bisschopszetel.
Gedurende de tijd dat de Algarve onder Arabisch bestuur stond bleef Ossonoba, ondertussen omgeven door stadswallen, een belangrijke plaats en kortstondig de hoofdstad van een Arabisch prinsdom (9 de eeuw). De naam Ossonoba veranderde in Santa Maria de Hárune, waarvan de naam Faro is afgeleid.
In het jaar 1249, na een problematisch periode veroorzaakt door politieke onrust en militaire zwakheid word Faro door de Portugezen veroverd.
In de daaropvolgende eeuwen wordt Faro een welvarende stad voornamelijk door zijn geografische ligging, de veilige haven, zoutwinning en de handel in agrarische producten. Faro had in deze tijd een belangrijke joodse gemeente die tegen het einde van de 15 de eeuw het eerste Portugese boek drukte.
In 1499 laat koning Dom Manuel, zich bewust van de toekomstige ontwikkeling, grote stedelijke veranderingen uitvoeren. Hij laat een ziekenhuis, kerk, belastingkantoor, slachthuis en winkels bouwen, buiten de stadsmuur en dichtbij de kust. In 1540 krijgt Faro stadsrechten. Opmerkelijk genoeg krijgt Faro nogmaals stadsrechten en wel in 1577 als de bisschopszetel die sinds de nederlaag van de arabieren in Silves was, naar Faro verplaats wordt.
In 1596 plundert een engelse vloot onder leiding van de Earl of Essex de stad. De engelse matrozen stichten branden en verwoesten stadsmuren en kerken. De bisschoppelijke bibliotheek nemen ze mee naar Engeland.
In de 17 de en 18 de eeuw gaat het weer beter. Nieuwe stadsmuren worden gebouwd in een grote halve cirkel tegenover de Ria Formosa, rondom de stad en het gecultiveerde land. Tot aan het einde van de 19 de eeuw blijft dit de begrenzing van de stad.
Op het moment is Faro een universiteitsstad en hoofdstad van de Algarve.