Desde tempos pré-históricos, a área de Ria de Formosa com as suas lagunas incontáveis é habitada. Uma cidade aparece aqui com o nome Ossonoba. Durante o período de invasão romana era um centro urbano importante e a berço da actual cidade de Faro.
Do 3º século até o domínio árabe é sede do Bispado.
Ossonoba continua de ser um lugar importante durante a regra árabe, do 8º século até o 13º século. É fortalecido com muralhas e o capital de um principado arab no 9º século. O nome Ossonoba mudou para o de Santa Maria de Hárune, a origem do nome Faro.
A cidade é conquistada pêlos portugueses no ano 1249, depois um período problemático provocado pôr agitação político islâmico e instabilidade de exército.
Nos séculos seguintes, Faro se torna uma cidade próspera devido a sua posição geográfica, o porto seguro, a exploração de sal e o comércio de produtos agrícolas. Faro, naquele período, teve uma comunidade judaica importante que, no fim do 15º século, imprimiu o primeiro livro português.
Em 1499, Dom Manuel,
Em 1540, Faro é concedida a estatuto de cidade e em 1577 a sede do bispado de Algarve foi transferida de Silves para Faro.
Em 1596, marinheiros ingleses debaixo da ordem do Conde de Essex pilham e queimam completamente a cidade. As muralhas e as igrejas s ã o arruinadas. A biblioteca episcopal é levada para Inglaterra.
O 17º e 18º século é um período de desenvolvimento para Faro. Novas muralhas são construidas abraçando a área desenvolvida e as terras cultivadas num semicírculo vasto que enfrenta a Ria Formosa.
Hoje, Faro é uma cidade universitária e capital do Algarve.