Die Stadt Lagoa entwickelte sich um seine Kirche herum. Das Datum seines Entstehens ist nicht bekannt und nur seit 1773, als es durch königliches Dekret eine kleine Stadt wurde, wird seine Geschichte dokumentiert.
Man weiß, dass Estombar und Porches wichtige Zentren in der islamischen und mittelalterlichen Periode waren, und das Ferragudo Verteidigungs-Mauern hatte. Das städtische Zentrum von Estombar war, in der arabischen Periode, verteidigt durch eine Burg. Die Stelle war wirtschaftlich wichtig wegen der Gewinnung von Salz und dem Schiffsverkehr auf dem Fluss Arade. Es war vielleicht auch der Geburtsort des muslimischen Dichters Ibne-Ammar (XI Jahrhundert) und vom Rebellen "O Remexido" (1796-1838) der mehrere Jahre lang die ganze Algarve terrorisierte.
Fischerei und die Fischkonserven-Industrie brachte Lagoa, am Ende vom XIX Jahrhundert und den ersten Jahrzehnten vom XX Jahrhundert, Prosperität und Dynamik.
Heutzutage, wegen den wachsenden Vielfalt an touristischen und wirtschaftlichen Aktivitäten, spielen Lagoa und die Region eine immer-zunehmende Rolle im modernen Algarve.