De stad Lagoa heeft zich ontwikkeld rondom zijn kerk. Over het ontstaan van de stad is weinig bekend. Gedocumenteerde geschiedenis bestaat eerst vanaf de tijd dat Lagoa de rechten kreeg om zich een kleine stad te noemen (1773).
Men weet echter dat Estombar en Porches belangrijke centra waren in de islamitische periode en in de middeleeuwen. Ferragudo bezat stadsmuren en het centrum van Estombar werd gedurende de moorse overheersing verdedigd door een burcht. De plaats was economisch van belang vanwege het scheepsverkeer op de rivier Arade en de zoutwinning. De Arabische dichter Ibne-Ammar (11 de eeuw) werd hier geboren en ook de struikrover "O Remexido" (1796-1838), die, met zijn bende, gedurende meerdere jaren de hele Algarve bedreigde.
Visserij en visindustrie brachten tegen het einde van de 19 de eeuw ontwikkeling en welstand voor Lagoa.
Heden ten dage, door het groeiende aantal toeristische en economische activiteiten, spelen de regio en Lagoa een aanzienlijke rol in het moderne Algarve.