A cidade de Lagoa evoluiu ao redor de sua igreja. A data de sua fundação não é conhecida e só, quando através de um decreto real se tornou uma vila em 1773, a sua história começa a ser documentada.
Sabe-se que Estombar e Porches eram centros importantes no período islâmico e medieval e Ferragudo teve muralhas. O centro urbano de Estombar era, no período árabe, defendido pôr um castelo.
O lugar era economicamente importante pôr causa da exploração de sal e o tráfico fluvial no rio Arade. Também é o local de nascimento do poeta muçulmano Ibne-Ammar (século XI) e do rebelde "O Remexido" (1796-1838) que, durante vários anos, aterrorizou o Algarve inteiro. A pesca e a indústria de conservas trouxe, ao término do século XIX e nas primeiras décadas do século XX, prosperidade e dinamismo para Lagoa.
Hoje em dia, devido a sua diversidade crescente de e actividades turisticas e económicas, Lagoa e a sua região representem um papel sempre-crescente no Algarve moderno.