Archäologische Funde im Gebiet zeigen, dass Lagos seit prähistorische Zeiten bewohnt wird. Der alte Name der Stadt -Lacohriga- offenbart einem keltischen Ursprung, ungefähr 2.000 V.CHR. Phönizier, Griechen und Karthager benutzten häufig sein Hafen.
Die Stadt wächst und gedeiht während der römischen Besetzung und das macht es notwendig, um einen Damm für Trinkwasser zu bauen und eine Brücke über dem Fluss in der Nähe von Bensafrim.
Die Araber bauen im 10 Jahrhundert Stadt-Mauern. Die Portugiesen unter Paio Peres Correia eroberten Lagos im Jahre 1249.
Unter die Herrschaft von Dom Afonso IV , begann Lagos größeren Ruhm zu gewinnen, weil er den Wiederaufbau von den Mauern des Marktplatzes befahl und das militärische Hauptquartier vom Algarve dorthin verlagerte.
Am 5. Januar 1361 während der Herrschaft von Dom Pedro I , wurde Lagos zum Status einer kleiner Stadt mit seiner eigenen Rechtsprechung erhoben. Damals war die Stadt unter dem Befehl vom Bischof von Silves, an den sie vom König von Castela geschenkt worden war.
In 1415, unter König Dom João I fing das Zeitalter der portugiesischen Entdeckungen an. Lagos war am seinem Höhepunkt, es bildete die geographische Plattform in der Eroberung von Ceuta, und es war der Ausgangspunkt für den Traum von einem Algarve jenseits des Meeres. Von Lagos kamen die Befehle von Infante Dom Henrique (Heinrich der Seefahrer) der später Besitzer der Stadt wird; Ein Geschenk von seinem Neffen Dom Afonso V.
Das goldene Zeitalter für Lagos war das 15 Jahrhundert. Ungefähr vierzig Jahre lang war die Stadt, wegen seiner Lage gegenüber Afrika, der Hafen von Abreisende und Ankommende Schiffe die Jahr nach Jahr beschäftigt waren die Küste dieses Kontinentes zu erforschen. Es war ein Zentrum für den Handel in exotischen Produkten aus Afrika wie Elfenbein, Gold und Silber. Neue Kirchen werden gebaut und Lagos sieht eine Zunahme in der Anzahl von Häusern, und eine wachsende Anzahl von Kaufleuten und Bankiers.
João Gonçalves Zarco und Tristão Vaz Teixeira, zwei einheimische Söhne von Lagos entdecken die Insel von Madeira (1419).
Von Lagos segelte, in 1434, Gil Eanes rundete der Kap Gute Hoffnung und ging weiter..
Lagos wurde eine obligatorische Zwischenstation für fast alle Schiffe.
Am 27. Januar 1573 gibt König Dom Sebastião Lagos Stadtrechte, im Folge einer königlichen Reise zum Alentejo und Algarve, da er mit dem Empfang imponiert ist, den er von den Leuten von Lagos bekam.
In 1573 wird der Bischöfssitz von Silves zu Lagos übergeben, das Hauptstadt vom ganzen Algarve wird und der Wohnsitz von Generalen, Kapitänen und Gouverneuren aus dem Königreich.
Die Geschichte von Lagos war immer mit dem Meer und Marine-Aktivitäten verbunden. Es war der Begegnungspunkt auf den internationalen Strecken. Es war Lagos, wo Infante Dom Henrique seine Karavellen ausstattete, die den Weg zur Ära der Entdeckungen öffneten.
Neue Stadtmauern, gebaut im 16 Jahrhundert, begleiten die städtische Ausdehnung; jene Verteidigungen werden verstärkt, im 17 Jahrhundert, mit Festungen auf strategischen Punkten.
Das Erdbeben in 1755 und das Seebeben, das folgte, zerstörten einen großen Teil der Stadt. Nur in der Mitte des 19 Jahrhunderts, wegen der Industrie von Fischkonserven und den Handel darin, lebt seine Konjunktur wieder auf.
Lagos ist heute eine dynamische und aktive Stadt, stolz auf seine Vergangenheit.