Achados arqueológicos na área demonstram que Lagos está habitado desde tempos pré-históricos. O nome velho da cidade - Lacohriga - aponta para uma origem Céltica, aproximadamente 2.000 anos A.C.. Fenícios, gregos e cartagineses frequentemente usaram o seu porto.
A cidade cresce e prospera durante a ocupação romana e torna-se necessário construir uma represa para água e uma ponte sobre o rio perto de Bensafrim.
Os árabes erguem muralhas no século X. Os portugueses, debaixo de ordem do Paio Peres Correia conquistam Lagos no ano 1249.
Durante o reinado de Dom Afonso IV , Lagos começou a ganhar maior fama, porque ele ordenou a reconstrução das muralhas da praça e pôs a sede militar do Algarve lá.
No dia 5 de janeiro 1361, durante o reinado de Dom Pedro I , Lagos era elevada à vila com a sua própria jurisdição. Naquela altura, a cidade estava sob as ordens do Bispo de Silves a quem tinha sido doado pelo rei de Castela.
Em 1415, durante a regra de Dom João I , começou a idade das Descobertas portuguesas. A importância de Lagos estava em seu cume, porque constituiu a plataforma geográfica na conquista de Ceuta e era o ponto de partida para o sonho de um Algarve além do mar. De Lagos as ordens vieram do Infante Dom Henrique , que se torna o dono da cidade devida a uma doação pelo o seu sobrinho Dom Afonso V.
A época de ouro para Lagos foi o século XV. Durante aproximadamente quarenta anos, a cidade, devido a sua localização oposta a África, era o porto de partida e chegada para os navios que, ano depois ano, eram ocupados, descobrindo a costa daquele continente. Era um centro para o comércio em produtos exóticos como marfim, ouro e prata, oriundos da África. Lagos vê igrejas novas que são construídas, um aumento no número de casas, e um número crescente de comerciantes e banqueiros.
João Gonçalves Zarco e Tristão Vaz Teixeira, dois filhos nativos de Lagos descobriram a Ilha de Madeira (1419).
De Lagos velejou, em 1434, o navegador Gil Eanes dobro o Cabo da Boa Esperança e foi mais adiante..
Lagos se tornou uma escala obrigatória para quase todos os navios.
No dia 27 de janeiro 1573, Dom Sebastião elevou Lagos à cidade, depois uma jornada real para o Alentejo e o Algarve, impressionado com a recepção que ele obteve das pessoas de Lagos.
Em 1573, o Bispado é transferido de Silves para Lagos que se torna o capital do Algarve inteiro e é a residência de Generais, Capitães e Governadores do Reino. Porém, a história de Lagos sempre foi amarrada com o mar e actividades marinhas. Era o ponto de encontro nas rotas internacionais. Era em Lagos onde o Infante Dom Henrique equipou as caravelas que abriram caminha à era das Descobertas.
Muralhas novas, erguidas no século XVI, acompanham a expansão urbana da cidade; essas defesas são reforçadas, no século XVII, com fortes em pontos estratégicos.
O terremoto em 1755 e o maremoto que segui destruíram uma grande parte da cidade. Só no meio do século XIX, com a indústria de conservas de peixe e comércio, começa a recuperação de sua prosperidade.
Lagos hoje é uma cidade dinâmica e activa, orgulhosa de seu passado.