Im 12. Jahrhundert  wurde der berühmte arabische Dichter Ibn Ammar im São Brás de Alportel geboren.
Schon im 16. Jahrhundert  gab es hier ein Kloster. Wegen seines milden Klimas wurde die Stelle für die Einrichtung des Sommerwohnsitzes des Bischofs gewählt, Gebaut im 17. Jahrhundert, wurde der Episkopahle Palast die folgenden Jahrhunderte mehrere Male modifiziert. Heutzutage ist, nur noch ein kleiner Teil des ursprünglichen Gebäude  übrig.
Die Mutterkirche wurde nach dem Erdbeben von 1755 auf den Fundamenten einer alten Kirche vom 15. Jahrhundert  erbaut.
Im 19. Jahrhundert  wurde São Brás de Alportel wirtschaftlich wichtig. Die Korkeichen Plantagen waren verantwortlich für die kommerzielle Entwicklung, die Region war der größte Produzent von Korken in Portugal und der Welt. Wegen der Versetzung der Korkproduktion zum Innere und Norden vom Land sah die Stadt sich gezwungen ihre Wirtschaft zu diversifizieren.