In de 12de eeuw wordt de beroemde Arabier dichter Ibn Ammar geboren in São Brás de Alportel.
Al in de 16de eeuw stond hier een klooster. Vanwege het milde klimaat werd de plaats gekozen als zomerverblijf voor de bisschop van de Algarve. Gebouwd in de 17de eeuw werd het bisschoppelijk paleis gedurende de volgende eeuwen vaker gemodificeerd. Op vandaag is maar een klein deel van het oorspronkelijke gebouw over.
De moederkerk is gebouwd na de aardbeving van 1755 op de grondvesten van een oudere kerk uit de 15de eeuw.
In de 19de eeuw werd São Brás de Alportel economisch belangrijk. De kurkeik plantages waren verantwoordelijk voor de ontwikkeling, de regio was de grootste kurkproducent van Portugal en de wereld. Vanwege de verplaatsing van de kurkindustrie naar het interieur en het noorden van het land, zag de stad zich gedwongen om haar economie diversifiëren.