No século 12, o famoso poeta árabe Ibn Ammar nasceu em São Brás de Alportel.

A fundação de Alcoutim e ligada ao facto que os barcos transportavam o minério do metal e outros produtos do interior no Guadiana e estiveram obrigadas para esperar em algum lugar, durante horas, até que a maré fez possível ir ao rio abaixo. Já no século 16, existia um convento na pequena localidade. Por causa do seu clima ameno, a localidade foi escolhida para o estabelecimento da residência de verão do bispo do Algarve. Construído no século 17. O palácio episcopal foi modificado várias vezes nos séculos seguintes. Actualmente apenas uma pequena parte do complexo principal é preservada.
A Igreja Matriz foi edificada após o terramoto de 1755 sobre os alicerces de uma antiga igreja do século 15.
No século 19, São Brás de Alportel tornou-se economicamente importante. As plantações de sobreiros incentivaram o desenvolvimento comercial e fizeram do município o maior produtor de cortiça de Portugal e do mundo. Por causa da transferência da produção de cortiça para o interior e norte do país, a cidade viu-se obrigada a diversificar a sua economia.