Dom Afonso III

ließ diese Kirche bauen, in rotem Sandstein, am Ende des 13, Jahrhundert auf der Stelle der alten Moschee. Der Stil ist gotisch mit einem Grundriss in der Form von einem lateinischen Kreuz, mit drei Schiffen, und einem Hauptportal ähnlich an das des Klosters von Batalha. Die wichtigste Merkmalen der Kathedrale sind das  Gewölbe und das Grab von João II

. Er ist in Alvor gestorben, in der Kathedrale von Silves begraben und zwei Jahren später nach dem Kloster von Batalha überbracht.  Die sterblichen Überreste der Bischöfe und Adligen von Silves liegen unter dem Boden der Gänge und in den Mauern.